各級總預(yù)算會計管理的專用基金收入和支出年終相抵后的差額，是財政三項結(jié)余的一種。屬于各級財政部門的凈資產(chǎn)。

專用基金結(jié)余每年結(jié)算一次。年終財政部門將基金預(yù)算收入與基金預(yù)算支出沖光彩后，即為當(dāng)年的專用基金結(jié)余。當(dāng)年專用基金結(jié)余加上上年年末專用基金結(jié)余為本年年末滾存專用基金結(jié)余。

財政部1997年6月頒布的《財政總預(yù)算會計制度》設(shè)置“專用基金結(jié)余”科目對專用基金結(jié)余進(jìn)行核算。年終，財政部門將全年的“專用基金收入”科目的期末貸方余額轉(zhuǎn)入“專用基金結(jié)余科目”的貸方，即，借記“專用基金收入”科目，貸記“專用基金結(jié)余”科目；將全年的“專用基金支出”科目的末借方余額轉(zhuǎn)入“專用基金結(jié)余”科目的借方，即借記“專用基金結(jié)余”科目，貸記“專用基金支出”科目。“專用基金結(jié)余”科目的年終貸方余額，反映本年專用基金的滾存結(jié)余，轉(zhuǎn)入下年度。